Développement d'outils de vectorisation d'angiographies obtenues par microscopie 2-photons dans le contexte du vieillissement du cerveau

Les pathologies affectant les petits vaisseaux de la neurovasculature sont-elles à l'origine des effets cognitifs qui apparaissent au cours du vieillissement? Pour répondre à cette question, il faut d'abord posséder des outils permettant d'extraire la microvasculature du néocortex à partir d'angiographies acquises par microscopie à fluorescence deux-photons. Une meilleure compréhension de l'évolution de la microvasculature du cerveau avec l'âge et de l'effet de ces modifications sur les fonctions des aires corticales constitue en effet une étape essentielle vers la mise en place de nouveaux biomarqueurs du vieillissement du cerveau. Des modèles réalistes de la vasculature du cerveau peuvent servir de base à des modélisations du débit sanguin et à la simulation de signal IRM. En utilisant des vasculatures vectorisées, de nouvelles voies de recherche pourront donc être explorées, dont l'effet de différents types de pathologies des petits vaisseaux sur le signal IRM dépendant du niveau d'oxygène sanguin (BOLD). L'objectif de ce projet de recherche est donc le développement d'une méthode de segmentation des vaisseaux sanguins et d'un outil d'interaction permettant de corriger et de modifier le réseau vasculaire extrait. Ces outils sont utilisés pour comparer la microvasculature du néocortex de rats provenant de deux cohortes d'âges différents formés de 12 jeunes rats (âge = 11-15 semaines) et 12 rats âgés (âge = 23-25 mois) de type Long-Evans. Ces méthodes ont été développées en utilisant principalement la plateforme de programmation MATLAB, le module de gestion de pipeline de traitement PSOM et l'outil de traitement d'image FIJI. La méthode est semi-automatique, nécessitant une correction manuelle des graphes extraits des angiographies après la segmentation. L'approche modulable adoptée permet l'ajout de nouvelles fonctions et de nouveaux outils, ce qui pourra améliorer sa robustesse et l'automatisation de l'extraction des vaisseaux sanguins. En analysant les masques des vasculatures issus du prétraitement des données, il a été montré que la densité des capillaires dans le néocortex sensorimoteur de rats Long-Evans diminue avec l'âge, en passant de pour les jeunes rats à pour les rats âgés, ce qui représente une baisse statistiquement significative de 20 %. Une analyse utilisant les graphes nettoyés semble également aller dans ce sens en montrant que la densité linéaire des vaisseaux décroît au cours du vieillissement. Cette mesure est liée aux capacités de perfusion de la vasculature, et pourrait indiquer que l'efficacité d'apport en nutriment et en oxygène décroît dans le néocortex sensorimoteur de rats au cours du vieillissement.