Priorisation des sources de contamination fécale en milieu urbain : pertinence de l'utilisation de marqueurs moléculaires et chimiques comme traceurs de rejets d'eaux usées

Une gestion efficace des épisodes de contamination fécale des systèmes aquatiques nécessite dans un premier temps une identification des sources de contamination avant de pouvoir mettre en place des pratiques de gestion et de restauration de la qualité d'un système. Les indicateurs bactériens classiques (E. coli, coliformes fécaux) utilisés dans le suivi de la qualité des eaux bien qu'ils indiquent la présence d'une charge fécale récente ne permettant pas une différenciation de l'origine de la pollution fécale. Un travail important a été réalisé ces dernières années afin de développer une nouvelle approche, dénommée le suivi de sources microbiennes (SSM) ou Microbial Source Tracking (MST). Les techniques de suivi des sources microbiennes sont destinées à permettre aux praticiens et aux chercheurs d'identifier la ou les sources de pollution fécale dans les eaux. Plusieurs recherches ont permis d'identifier des marqueurs microbiologiques et chimiques susceptibles de discriminer les différentes sources, cependant, il n'existe pas de méthodes « standard » définies pour l'approche MST. L'importance d'utiliser plusieurs marqueurs a été soulignée à plusieurs reprises dans la littérature et une approche pragmatique et pratique a semblé être l'adoption d'une « boîte à outils » ou MST « toolbox » constituées de différents marqueurs de suivi des sources. Cette thèse a été consacrée en premier lieu à l'application et la validation de boîtes à outils opérationnelle composées de marqueurs chimiques et moléculaires permettant de tracer les contaminations fécales d'origine humaine (eaux usées) et ce en différentes matrices environnementales et dans différentes conditions hydrométéorologiques et en deuxième lieu au suivi du devenir et du comportement des marqueurs dans le milieu naturel.