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Conception d'architectures de calcul à hautes performances pour la comparaison de séquences génétiques

Nasreddine Hireche

Masters thesis (2008)

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Cite this document: Hireche, N. (2008). Conception d'architectures de calcul à hautes performances pour la comparaison de séquences génétiques (Masters thesis, École Polytechnique de Montréal). Retrieved from https://publications.polymtl.ca/8255/
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Abstract

Concepts de base et problématique du domaine de comparaison de séquences -- Cycle de vie -- Information génétique -- Projet du génome humain et bases de données génétiques -- Alignement de séquences génétiques -- Principes de la programmation dynamique -- Accélération matérielle de traitement -- Parallélisme logiciel/matériel et transformations -- Classification des systèmes HPC -- Les accélérateurs FPGA, ASIC, et autres -- Choix de la technologie du support matériel -- Parallélisation de l'application : comparaison de séquences génétiques -- Méthodologie -- Parallélisation logicielle -- Parallélisation avec le standard OpenMP (mémoire partagée) -- Parallélisation MPI (mémoire distribuée) -- Apport de la parallélisation logicielle -- Parallélisation matériel -- Performances et analyses des résultats -- Performance du PE_1x1 par rapport aux systèmes existants -- Étude comparative de performances entre les différents éléments réalisés : coût matériel et accélération du traitement -- Détermination des points de Pareto de l'espace de conception -- Validation du choix de l'unité de traitement la plus performante.

Uncontrolled Keywords

Bio-informatique; Génome humain -- Séquençage -- Informatique; Algorithmes

Open Access document in PolyPublie
Additional Information: Le fichier PDF de ce document a été produit par Bibliothèque et Archives Canada selon les termes du programme Thèses Canada https://canada.on.worldcat.org/oclc/646563216
Department: Département de génie informatique et génie logiciel
Date Deposited: 04 Aug 2021 11:04
Last Modified: 25 Aug 2021 14:59
PolyPublie URL: https://publications.polymtl.ca/8255/

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