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Automatic Axon and Myelin Segmentation of Microscopy Images and Morphometrics Extraction

Aldo Zaimi

Masters thesis (2018)

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Cite this document: Zaimi, A. (2018). Automatic Axon and Myelin Segmentation of Microscopy Images and Morphometrics Extraction (Masters thesis, École Polytechnique de Montréal). Retrieved from https://publications.polymtl.ca/3089/
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Abstract

Dans le système nerveux, la transmission des signaux électriques se fait par l’intermédiaire des axones de la matière blanche. La plupart de ces axones, aussi connus sous le nom de fibres nerveuses, sont entourés par la gaine de myéline. Le rôle principal de la gaine de myéline est d’accroître la vitesse de transmission du signal nerveux le long de l’axone, un élément crucial pour la communication sur de longues distances. Lors de pathologies démyélinisantes comme la sclérose en plaques, la gaine de myéline des axones du système nerveux central est attaquée par des cellules du système immunitaire. Ceci peut conduire à la dégénérescence de la myéline, qui peut se manifester de diverses façons : une perte du contenu en myéline, une diminution du nombre d’axones myélinisés ou même des dommages axonaux. La microscopie à haute résolution des tissus myélinisés offre l’avantage de pouvoir imager la microstructure du tissu au niveau cellulaire. L’extraction d’information quantitative sur la morphologie passe par la segmentation des axones et gaines de myélines composant le tissu sur les images microscopiques acquises. L’extraction de métriques morphologiques des fibres nerveuses à partir d’image microscopiques pourrait contribuer à plusieurs applications intéressantes : documentation de la morphométrie sur différentes espèces et tissus, étude des origines et effets des maladies démyélinisantes, et validation de nouveaux biomarqueurs d’Imagerie par Résonance Magnétique sensibles au contenu en myéline dans le tissu. L’objectif principal de ce projet de recherche est de concevoir, implémenter et valider un framework de segmentation automatique d’axones et de gaines de myéline sur des images microscopiques et d’en extraire des morphométriques pertinentes. Plusieurs approches de segmentation ont été explorées dans la littérature, mais la plupart ne sont pas totalement automatiques, sont conçues pour une modalité de microscopie spécifique, ou bien leur implémentation n’est pas publiquement disponible pour la communauté scientifique. Deux frameworks de segmentation ont été développés dans le cadre de ce projet : AxonSeg et AxonDeepSeg. Le framework AxonSeg (https://github.com/neuropoly/axonseg) se base sur une approche de traitement d’image classique pour la segmentation. Le pipeline de segmentation inclut une transformée de type extended-minima, un modèle d’analyse discriminante combinant des features de forme et d’intensité, un algorithme de détection de contours et un double algorithme de contours actifs. Le résultat de la segmentation est utilisé pour l’extraction de morphométriques. La validation du framework a été réalisée sur des échantillons de microscopie optique, microscopie électronique et microscopie Raman stimulée (CARS). Le framework AxonDeepSeg (https://github.com/neuropoly/axondeepseg) utilise plutôt une approche basée sur des réseaux neuronaux convolutifs. Un réseau convolutif a été conçu pour la segmentation sémantique des axones myélinisés. Un modèle de microscopie électronique à balayage (MEB) a été entraîné sur des échantillons de moelle épinière de rat et un modèle de microscopie électronique à transmission (MET) a été entraîné sur des échantillons de corps calleux de souris. Les deux modèles ont démontré une haute précision pixel par pixel sur les échantillons test (85% sur le MEB de rat, 81% sur le MEB d’humain, 95% sur le MET de souris, 84% sur le MET de macaque). On démontre également que les modèles entrainés sont robustes aux ajouts de bruit, au flou et aux changements d’intensité. Le modèle MEB de AxonDeepSeg a été utilisé pour segmenter une coupe transversale complète de moelle épinière de rat et les morphométriques extraites à partir des tracts de la matière blanche correspondaient bien aux tendances rapportées dans la littérature. AxonDeepSeg a démontré une plus grande précision au niveau de la segmentation lorsque comparé à AxonSeg. Les deux outils logiciels développés sont open source (licence MIT) et donc à disposition de la communauté scientifique. Des futures itérations sont prévues afin d’améliorer et d’étendre ce travail. Les objectifs à court terme sont l’entraînement de nouveaux modèles pour d’autres modalités de microscopie, l’entraînement sur des datasets plus larges afin d’améliorer la généralisation et la robustesse des modèles, et l’exploration de nouvelles architectures de réseaux neuronaux. De plus, les modèles de segmentations développés jusqu’à maintenant ont seulement été testés sur des images de tissus sains. Un développement futur important serait de tester la performance de ces modèles sur des échantillons démyélinisés.----------ABSTRACT In the nervous system, the transmission of electrical signals is ensured by the axons of the white matter. A large portion of these axons, also known as nerve fibers, is surrounded by a myelin sheath. The main role of the myelin sheath is to increase the transmission speed along the axons, which is crucial for long distance communication. In demyelinating diseases such as multiple sclerosis, the myelin sheath of the central nervous system is attacked by cells of the immune system. Myelin degeneration caused by such disorders can manifest itself in different ways at the microstructural level: loss of myelin content, decrease in the number of myelinated axons, or even axonal damage. High resolution microscopy of myelinated tissues can provide in-depth microstructural information about the tissue under study. Segmentation of the axon and myelin content of a microscopy image is a necessary step in order to extract quantitative morphological information from the tissue. Being able to extract morphometrics from the tissue would benefit several applications: document nerve morphometry across species or tissues, get a better understanding of the origins of demyelinating diseases, and validate novel magnetic resonance imaging biomarkers sensitive to myelin content. The main objective of this research project is to design, implement and validate an automatic axon and myelin segmentation framework for microscopy images and use it to extract relevant morphological metrics. Several segmentation approaches exist in the literature for similar applications, but most of them are not fully automatic, are designed to work on a specific microscopy modality and/or are not made available to the research community. Two segmentation frameworks were developed as part of this project: AxonSeg and AxonDeepSeg. The AxonSeg package (https://github.com/neuropoly/axonseg) uses a segmentation approach based on standard image processing. The segmentation pipeline includes an extendedminima transform, a discriminant analysis model based on shape and intensity features, an edge detection algorithm, and a double active contours step. The segmentation output is used to compute morphological metrics. Validation of the framework was performed on optical, electron and CARS microscopy. The AxonDeepSeg package (https://github.com/neuropoly/axondeepseg) uses a segmentation approach based on convolutional neural networks. A fully convolutional network architecture was designed for the semantic 3-class segmentation of myelinated axons. A scanning electron microscopy (SEM) model trained on rat spinal cord samples and a transmission electron microscopy (TEM) model trained on mice corpus callosum samples are presented. Both models presented high pixel-wise accuracy on test datasets (85% on rat SEM, 81% on human SEM, 95% on mice TEM and 84% on macaque TEM). We show that AxonDeepSeg models are robust to noise, blurring and intensity changes. AxonDeepSeg was used to segment a full rat spinal cord slice, and morphological metrics extracted from white matter tracks correlated well with the literature. The AxonDeepSeg framework presented a higher segmentation accuracy when compared to AxonSeg. Both AxonSeg and AxonDeepSeg are open source (MIT license) and thus freely available for use by the research community. Future iterations are planned to improve and extend this work. Training of new models for other microscopy modalities, training on larger datasets to improve generalization and robustness, and exploration of novel deep learning architectures are some of the short-term objectives. Moreover, the current segmentation models have only been tested on healthy tissues. Another important short-term objective would be to assess the performance of these models on demyelinated samples.

Open Access document in PolyPublie
Department: Institut de génie biomédical
Dissertation/thesis director: Julien Cohen-Adad
Date Deposited: 26 Jun 2018 11:51
Last Modified: 27 Jun 2019 16:47
PolyPublie URL: https://publications.polymtl.ca/3089/

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